Natto, düşük kalorili yapısına rağmen bitkisel protein, lif ve mineraller bakımından adeta bir depo görevi görüyor. Sadece 50 gramlık küçük bir porsiyon natto; 8,3 gram protein, 4,8 gram lif, 50 mg magnezyum ve 330 mg potasyum içeriyor.
Ancak natto'yu diğer tüm besinlerden ayıran asıl gücü, K2 vitamininin (özellikle MK-7 formunun) bilinen en zengin doğal kaynağı olması.